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《棋魂(棋靈王)》原本對圍棋一竅不通的小學六年級學生進藤光，在爺爺家的倉庫翻找發現古老的圍棋棋盤，進藤光因能看到棋盤上本因坊秀策（虎次郎）的血漬，被藏身在棋盤內的古代棋士藤原佐為的靈魂附身。藤原佐為是平安時代的天才棋士，因被對手作弊陷害，佐為含冤投水自盡，他為了達到神乎其技的境界，在世上徘迴千年，等待再次下棋的機會。
為了滿足佐為下棋的欲望，光特地帶佐為到圍棋會所下棋，因而打敗了同齡的天才棋士塔矢亮。塔矢亮是圍棋界第一人名人塔矢行洋的兒子，自小受到父親的指導，棋力遠超同儕，堪比職業棋士，但他卻敗於受佐為指揮的進藤光。受此打擊的亮，為了要追趕進藤光（佐為），努力磨練自己的棋藝。光被亮認真的態度激勵，也而對圍棋產生興趣，在佐為的指導與修練下，進入職業圍棋界，然而佐為下棋的機會卻因此而變少。
光讓佐為使用「sai」為網名下網路圍棋，sai的名氣越來越響亮，在塔矢行洋因病住院期間，sai和塔矢行洋對弈並獲勝，但在棋局結束後，光卻發現了唯一一個可以讓塔矢行洋反敗為勝的棋路，佐為領悟到自己就是為了讓光看到這盤棋，才在世上徘徊千年之久，不久後便消失了，光因此而放棄圍棋，並四處追尋佐為的身影。在許多人的鼓勵和引導下，光終於發現佐為的棋藝已融入在自己的棋藝之中，成功突破瓶頸。
之後，在職業圍棋界中，光繼續跟不同的高手對弈，並與塔矢亮共同追求神乎棋技的境界。
